[MKV(字幕あり)を再エンコードせずに字幕削除&MP4(RAW)化する方法]1.字幕付きMKV をMKVExtractGUI2 にドラッグ&ドロップ。

2.動画ファイル(.h264など)と日本語音声ファイル(.aacなど)のみを選択し、[Extract]をクリック。

3.YAMB を利用して抜き出した動画ファイルと音声ファイルをMP4 化する。
参考)
MKV からMP4 に再エンコードせずに動画コンテナだけを変換する方法以上。
[MKV からMP4 に再エンコードせずに動画コンテナだけを変換する方法]1.mkvtoolnix をダウンロード&解凍。
http://www.bunkus.org/videotools/mkvtoolnix/win32/mkvtoolnix-unicode-4.4.0.7z
解凍先フォルダ名→mkvtoolnix
2.MKVExtract GUI 2 をダウンロード&解凍。
http://www.videohelp.com/download/MKVExtractGUI-2.2.2.1.zip
3.(2)の解凍先フォルダに入っているMKVExtractGUI2.exe をmkvtoolnix フォルダに移動。
4.MKVExtractGUI2.exe をダブルクリックで起動。

5.「Input File:」の[...]から分離したいmkv ファイルを選択。
6.「Output Dir:」の[...]から出力場所を選択。
7.「Tracks:」⇒チェックを入れる。
8.[Extract]ボタンをクリック。
これでMKV ファイルから動画と音声ファイルの分離が完了。

時間的には数秒。というか、たぶん一瞬。サイズにもよる。
次はMP4 ファイルの作成。
9.MP4Box をダウンロード&解凍。
http://www.videohelp.com/download/MP4Box-0.4.6-rev2485.zip
10.Yamb をダウンロード&解凍。
http://yamb.unite-video.com/Yamb-2.1.0.0_beta2.zip
11.Yamb.exe をダブルクリックで起動&[Settings]をクリック。

12.[Advanced Setting for Yamb and tools used by this GUI(MP4Box and Tagger).]をダブルクリック。
13.「Location:」横のフォルダマークから[MP4Box.exe]を選択&[NEXT]をクリック。

14.[Creation]をクリック。
15.[Click to create an MP4 file with multiple audio, video, subtitle and chapters streams.]をダブルクリック。
16.先ほどMKV ファイルから分離した映像・音声ファイルを「MP4 File Creation」にドラッグ&ドロップ。

17.「Output」横[Browse]から出力場所と名前を確認。
18.[Next]をクリック。
これでMP4 ファイルが完成。時間的には数秒。サイズにもよる。
MKV やMP4 は単なるコンテナなので、再エンコードをしなくても映像・音声の中身だけを入れ替えられる。
※今回インストーラー版は不使用。
以上。